Ao subir os relatórios das PJs (PJ1 e PJ2), é necessário separar pagamentos e recebimentos? As duas PJs devem ficar no mesmo relatório?

Sim. Antes de subir a planilha, é necessário separar pagamentos e recebimentos.

O relatório deve ser organizado por tipo de movimentação (pagamentos ou recebimentos), e dentro de cada bloco você pode incluir as duas PJs (PJ1 e PJ2), uma abaixo da outra.

Pagamentos

Primeiro insira todos os pagamentos da PJ1.
Em seguida, logo abaixo, insira todos os pagamentos da PJ2.

Recebimentos

Da mesma forma:
Primeiro todos os recebimentos da PJ1.
Logo abaixo, todos os recebimentos da PJ2.